Il 10 giugno 1940 l’Italia entra nella seconda guerra mondiale e Preganziol vive tale momento con preoccupazione, invia i suoi giovani cittadini, che si fanno sempre onore e diventa centro di raccolta degli sfollati causati dai bombardamenti delle città.

Il 25 luglio 1943 il fascismo cade e la popolazione di Preganziol ne è soddisfatta a tal punto che immediatamente vengono rimossi tutti i simboli del fascismo.
Dopo l’8 settembre 1943 , firma dell’armistizio con gli “alleati”, il Terraglio diventa strada privilegiata per il ritiro delle truppe tedesche, che fissano un comando nella villa Bianchi di Mogliano Veneto, da dove controllano anche il territorio circostante.
Molti soldati tedeschi si accampano a Preganziol nelle ville Marcello, Guggenheim, Taverna e Franchetti. Ciò provoca una serie di bombardamenti sul paese ed in particolare sulla trattoria Stella d’Italia, parco della villa Franchetti e di villa Taverna.

Nasce anche a Preganziol il movimento partigiano, con diversi caduti, e con esso anche il fenomeno del banditismo.
Il 7 aprile 1944, Venerdì santo, Treviso viene bombardata e Preganziol accoglie alcune centinaia di sfollati.
Il 29 aprile 1945 Preganziol viene liberato dalle truppe anglo-americane ed il 30 il dott. Bruno Sartori, veterinario comunale, assume le funzioni di sindaco ed è affiancato dalla nuova giunta entrata in carica il 1 maggio.
I danni lasciati dalla guerra sono limitati se si eccettuano quelli provocati dai soldati accampatisi nelle ville Marcello e Marchesi.

La vita politica, dopo il 1945, riprende il suo corso e vede la lotta democratica soprattutto tra democristiani e comunisti.